Programsko područje za Program prekogranične saradnje između Crne Gore i Albanije pokriva teritoriju površine 11.970 km2 sa ukupnom populacijom od oko 749.257 stanovnika. Teritoriju Crne Gore čini 47,9% u odnosu na Albaniju kojoj pripada 52,1%.

Granica je duga 244 km, od čega je 38 km vodena granica sastavljena od Skadarskog jezera, Jadranskog mora i rijeka. Postoje tri operativna prekogranična prelaza između Albanije i Crne Gore duž ove granice. Programska oblast u Crnoj Gori pokriva teritoriju od 5.745 km2 . Sastoji se od 12 opština i 615 naselja – gradova i sela – sa ukupnom populacijom od 379,366 stanovnika. Graniči se sa Albanijom na istoku, Kosovom i Srbijom na sjevero-istoku. Crna Gora je uspostavila podjelu na regione koji odgovaraju NUTS klasifikaciji, koji je odobren od strane EUROSTAT-a i prema pomenutoj podjeli, Crna Gora je jedna regija na sva tri NUTS nivoa.

Za potrebe strateškog planiranja zemlja je podjeljena na tri geografske regije, sjeverne, centralne i južne. Programsko područje u Crnoj Gori pokriva opštine: Andrijevica, Berane, Plav, Gusinje, Petnjica i Rožaje; Podgorica, glavni grad Crne Gore, Cetinje i Danilovgrad; i Budva, Ulcinj i Bar.

Programsko područje u Albaniji obuhvata regione Skadra, Lješa i oblast Tropoja koje pokriva teritoriju od 6.225 km2 sa ukupnom populacijom od 369,891 stanovnika.

Region Skadra ima najveću populaciju od 215,347 stanovnika, zatim ide Lješa sa 134,027 stanovnika, dok oblast Tropoja ima samo 20.517 stanovnika. Albanija ima administrativnu podjelu ekvivalentnu NUTS II, koja se još uvijek ne sprovodi.

Sve ukupno, programsko područje ima 23 opštine i ukupno 1.144 naselja – gradova i sela. Sedam opština se nalazi na granici, Plav, Andrijevica, Podgorica, Gusinje i Ulcinj u Crnoj Gori i Skadar i Koplik u Albaniji. Granica prolazi kroz visoki planinski masiv Prokletija (Albanski Alpi), Skadarsko jezero i završava se sa Jadranskim morem.

Granični prelazi, posebno Sukobin-Murićan i Božaj-Hani i Hotit su prohodni tokom cijele godine, dok se putna infrastruktura poboljšava ne prelazu Vermoš-Gercan koji se nalazi na velikoj nadmorskoj visini i koji je teško prohodan u toku zime.